Гиссарская долина известна по историческим источникам как территория, по которой пролегала караванная торговая дорога Великий шелковый путь.
Жизнь в этом месте началась еще в каменном веке, в IV–III тысячелетиях до нашей эры. Позднее, территория долины входила в состав Бактрии, потом Греко-Бактрийского и Кушанского государств. Об этом свидетельствуют найденные археологами остатки древних городищ и поселений. Сегодня, правда, от них остались лишь округлые насыпи, называемые «тепа» - «холм». Во времена владычества Арабского халифата местное население приняло ислам.
В 9 — 10 вв. она входила в состав Саманидского государства. Впервые эта территория под названием «Гиссар» («Хисор») упоминается в XI веке. Тогда это слово обозначало городище, где расположены государственные войска и развивалось ремесло, рынок.
В средние века Гиссар был городом, известным своим ремесленничеством и рыночным центром. В XVIII - XIX веках он превратился в Гиссарское бекство – одно из 28 владений Бухарского эмирата. С этих времен сохранилась Гиссарская крепость – самый известный памятник заповедника.
В начале XX века, после падения эмирата Гиссар входил в состав Таджикской советской республики.
С 9 сентября 1991 года Гиссар - район, а позже – город в составе городов и районов республиканского подчинения Республики Таджикистан.

Одна из самых главных достопримечательностей Таджикистана – Гиссарский историко-культурный заповедник расположилась в 30 км от Душанбе (4-5 км от города Гиссар) на территории около 86 га. Местонахождение заповедника - Гиссарская долина – обширная межгорная впадина по которой протекают реки Кафирниган, Каратаг, Ширкент. В историко-культурный заповедник, организованный ещё в конце восьмидесятых годов XX века, входят следующие памятники истории:
1. Гиссарская крепость с аркой (воротами). Ворота были построены в XVI веке, затем отреставрированы.
2. Регистан (площадь перед крепостью).
3. Старое медресе. Средневековое учебное заведение, было построено в XVI веке. Площадь медресе - 2250 м.
4. Новое медресе.
5. Караван-сарай. Кирпичный Караван-сарай был построен в 1808 г. во время правления Саидби Атолика и выполнял роль гостиницы.
6. Мечеть «Чашмаи мохиён» (Родник рыб). Была построена в VIII в. Две веранды и башня в XIV в. Сегодня заново отстроена под старый облик.
7. Мечеть «Сангин».
8. Мавзолей «Махдуми Аъзам». Является историческим памятником XVI в., оно было построено на месте могилы Ходжи Мухамеда Хайвоки. Площадь мавзолея 609 м.
9. Исторический музей. Расположен в здании старого медресе. Здесь хранится вся номенклатура памятников и экспонатов, найденных во время проведённых раскопок, на территории города Гиссар и за его пределами.

Название мечети переводится как «Каменная». Название мечети связано с одной из уникальных особенностей здания. Нижняя кладка мечети до половины выложена из каменных блоков.
Мечеть представляет собой прямоугольное здание с входным порталом. На входном портале мечети сделаны искусные надписи и изречения из Корана.
Уникальной особенностью мечети являются четыре кувшина без днища, которые замурованы под куполом мечети. Кувшины выполняют роль резонаторов, предназначенных для улучшения акустических качеств помещения для молитв и проповедей.
С мечетью Сангин связано местное предание. Считается, что строительство мечети Сангин была начата в VII веке по приказу праведного халифа Умара.